Uddannet læge i 1972 fra Københavns Universitet. Speciallæge i ortopædkirurgi i 1980 efter uddannelse på Rigshospitalet, København og Södersjukhuset og Karolinska Sjukhuset, Stockholm.  Uddannet i alle former for kunstige led operationer, og er en af landets absolut største kapaciteter indenfor fod/ankelkirurgi. Blev ansat som overlæge på Rigshospitalet 1986.  Fra 1993 overlæge med ansvar for undervisning på Frederiksberg Hospital.

Hakon Kofoed har været ansat som overlægekonsulent på Kysthospitalet siden januar 2008, hvor han udfører knæ/hofteledsoperationer og alle former for fod- og ankeloperationer. Har holdt utallige foredrag indenfor sit speciale både nationalt og internationalt, og har skrevet talrige forskningsartikler publiceret i internationale tidsskrifter. Er referee på flere internationale videnskabelige journals. Var president for den første verdens-konference om kunstige ankelled 1997. Har siden 2004 været formand for Dansk Fod/Ankel Selskab og blev i 2008 President for European Foot & Ankle Societies. Er ’Visiting Professor’ på mange universiteter i Asien, Australien, Europa, Nordamerika, Rusland og Sydafrika, og er honorable professor ved Universitetet i Beijing.